1. 原因

之前 clone 可以一个大型开源项目，自己创建了一个分支进行修改。
随着自己的分支和开源项目自身的迭代，自己每次都使用 merge 将远程的主分支合并到自己分支。最近由于隔了非常多版本没有合并，现在使用 merge 合并出现了大量冲突。
于是使用 git merge -X theirs [other_branch] 进行合并，该命令是在合并遇到冲突时，保留 [other_branch] 的改动，删除自己的改动。

合并过程顺利，但是实际出现了本不应该存在的文件，自己的分支没有创建过该文件，远程最新主分支也没有该文件，猜测可能是远程分支中途 commit 出现过该文件，但是在后续的迭代中又删除了该文件。

由于文件太多，不好一一比较删除，遂另寻他法。

2. 解决办法

先使用 git diff 创建差异文件，具体用法：

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git diff [待合并的分支] [想要被合并的分支] -- ':![排除的文件(夹)1，可使用通配符]' ':![排除的文件(夹)2，可使用通配符]' > /path/to/patch

然后使用 git apply 应用差异，具体用法：

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# 检查是否可以应用，无任何输出则表示可以应用
git apply --check /path/to/patch

# 应用差异 (先修复空格)
git apply --reject --whitespace=fix /path/to/patch

此时基本没太大问题，因为上面使用了 --whitespace=fix，有些末尾的空行等被删除了，此时再使用 git merge -X theirs [other_branch] 合并一次即可。